Peter est un élève studieux, timide qui n'a jamais eu de petite amie. Il est passionné par la science. Il vit chez sa tante et son oncle. Un jour avec sa classe, il visite un laboratoire scientifique. Peter reste à la traîne et se fait piquer par une araignée échappée de son bocal. Il rentre chez lui complètement déboussolé et s'endort aussitôt.
Cette nuit là dans le centre de recherche de l'OsCorp, le PDG d'OsCorp, Norman Osborn (le père de Harry, un ami de Peter), Osborn convint le Dr. Stromm d'essayer une des solutions chimiques améliorante, la CX. 00009, sur lui afin de garder son contrat avec l'armée, car si l'OsCorp perd ce contrat la société perdra son plus gros client.
Malgré le fait que les tests précédents, réalisés sur des rats, aient rendu certains cobayes fous, Osborn fait effectuer l'expérience. Mais celle-ci tourne mal les indicateurs s'affolent. Stromm arrête toutes les opérations en urgence et détache Osborn. Osborn se jette alors sur le scientifique, le tue et vole un planeur et une armure développé par OsCorp pour l'armée.
En se réveillant Peter, qui était myope comme un taupe, voit parfaitement sans ses lunettes et en enfilant son pantalon devant la glace, il se découvre une musculature d'haltérophile. Plus tard dans son lycée Peter sort rapidement de la cafétéria. Sans faire exprès, il a envoyé son plateau repas sur un camarade de classe, Flash (petit ami de Mary Jane, fille dont Peter est amoureux depuis toujours), à cause d'une toile gluante sortie de son bras. Peter se dirige vers son casier. Et lorsqu'il commence à tourner le cadenas pour l'ouvrir, un sixième sens se manifeste. Peter perçoit tous les mouvements, tous les bruits aussi discrets soit-il, qui l'entourent. Flash venu pour passer à tabac Peter se retrouve bien vite à la grande stupéfaction de Peter lui même au sol (confus la construction de phrase). Effrayé par ses capacités hors du commun Peter s'enfuit et s'isole dans une petite ruelle.
En observant une araignée tissant sa toile sur l'un des murs, il fait la relation. L'araignée lui a donné d'incroyables pouvoirs. Peter tente alors d'escalader le mur. Il y arrive sans problème. Il saute alors de toits en toits. Puis lance la toile qui sort de ses poignets en direction d'une grue... Il a découvert la totalité de ses pouvoirs. Un liquide comparable à celui dont dispose les araignées pour tisser leurs toiles sort de ses poignets, il dispose d'un sixième sens qui le prévient du danger, ses mains et pieds adhèrent à toutes les parois et il est plus fort plus souple et plus rapide.
Peter Parker devient Spider-Man
Peter veut combler MJ. Il décide donc de se payer une voiture. Mais comme il n'a pas d'argent, il décide de participer à un combat de catch. Peter arrive avec un costume fait maison et se présente en tant qu' “Human Spider” (l'Araignée Humaine) mais le présentateur lui donne celui d'Amazing Spider-Man trouvant l'autre nom absolument horrible. Peter se bat et gagne aisément. Prétextant que Peter a éliminé son adversaire en moins de 3 minutes le directeur du catch ne lui donne qu'1/10ème de la somme due. En quittant le bureau de l'employeur un homme prend la caisse... et lorsqu'il s'enfuit Peter lui laisse l'ascenseur qu'il avait appelé, en guise de vengeance. En se promenant dans la rue Peter voit un périmètre de sécurité. Il se dirige vers celui-ci et reconnaît son oncle gisant par terre. Peter entend un policier donner des ordres aux autres pour coincer le tueur en cavale. Peter enfile son costume et se met à la poursuite du tueur. Celui-ci s'isole dans un bâtiment abandonné. Peter maîtrise facilement l'homme. Celui-ci est éclairé par les projecteurs de la police. Peter aurait pu empêcher la mort de son oncle, l'assassin n'est autre... que le voleur de la caisse.
Peu après l'enterrement de son oncle, Peter obtient son diplôme de fin d'année. MJ met fin à sa relation avec Flash. Et Harry emménage avec Peter dans un loft. Osborn, devenu fou, tue plusieurs représentants militaires lors d'une démonstration. Plus tard Peter pense à une phrase de son oncle “de grands pouvoirs entraînent de grandes responsabilités”. Il se rend compte qu'il n'a pas pris ses responsabilités en laissant passer le cambrioleur. Il sort une valise contenant son costume de Spider-Man et des croquis d'un costume de Spider-Man plus élaboré. Et décide de se servir de ses pouvoirs pour améliorer la vie d'autrui et non la sienne. Dorénavant, il combattra le crime. Il sera Spider-Man !
Spider-Man héros ? Le Bouffon Vert vilain ?
Quelques temps après que Harry et Peter se soient installés dans le loft. Harry attiré par MJ sort avec elle secrètement. Le nom de Spider-Man est écrit sur la une de tous les journaux. Peter se fait renvoyer de tous les boulots qu'il fait parce qu'il arrive en retard à cause de sa double vie. Lorsqu'il voit que l'on recherche des photos de Spider-Man, Il saute sur l'occasion. Il se présente à Jonah Jameson, le directeur du Daily Bugle vend ses photos pour $300 et devient photographe free lance pour le Daily Bugle. Le lendemain de son recrutement, Peter se rend à un festival organisé à Times Square pour prendre des photos pour le Bugle. Mais il n'a pas le temps de faire grand chose puisque Osborn débarque sur son planeur et habillé de l'armure qu'il a volé à OsCorp et tue les membres de la direction d'OsCorp qui ont voté son renvoie. Détruisant un immeuble et mettant en danger des centaines de vies.
Quelques heures plus tard, Harry avoue à Peter qu'il sort avec MJ. Pendant ce temps là, Norman Osborn, victime d'un dédoublement de personnalité découvre qu'il n'est autre que le Bouffon Vert ! Son opposé maléfique lui conseille de faire une alliance avec Spider-Man, afin qu'ils mettent sans dessus dessous la ville.
Peter amène ses photos à Jameson qui se félicite d'avoir trouvé un nom à la créature qui a terrorisé Times Square, le Bouffon Vert. Le Bouffon Vert capture Spider-Man. Celui-ci se réveille sur le toit d'un immeuble. Ses muscles sont encore engourdis. Le Bouffon est debout devant lui et expose son offre. La réponse de Spider-Man n'étant pas clair, le Bouffon la prend comme un “peut-être”. Plus tard Spidey lui fait comprendre à un nouveau “rendez-vous” qu'il n'est pas question qu'il s'allie avec lui. Pendant l'échange de coup, Spider-Man se fait blesser au poignet.
Alors qu'elle traverse une rue mal éclairée, Mary Jane se fait attaquer par une bande de voyous. Spider-Man apparaît et sauve MJ. Pour le remercier elle l'embrasse...
Spider-Man et les Osborn, une relation bien particulière. Peter et MJ un amour impossible ?
Suite à une réunion de Thanksgiving, Osborn rencontre de nouveau Peter. Et comprend qu'il est Spider-Man en voyant la blessure à son poignet. Etant au courant que Peter est amoureux de MJ, le Bouffon capture MJ et la suspend au dessus d'un pont. Après un combat difficile Spider-Man vient à bout du Bouffon Vert et sauve MJ.
A l'enterrement Harry jure qu'il aura la peau de Spider-Man (il l'a vu ramener le corps de son père chez lui). MJ avoue à Peter qu'elle est amoureuse de lui mais celui-ci bien qu'amoureux d'elle refuse de s'engager par peur pour elle. MJ l'embrasse et comprend alors que Peter et Spider-Man ne font qu'un. Peu importe ou cela le mènera mais plus jamais quelqu'un ne devra faire de mal aux personnes qu'il aime. Il est Spider-Man.
